हाल ही में एक फ्रांसीसी हैकर ने दावा किया कि Aarogya Setu ऐप में एक "सिक्योरिटी लूपहोल" है, जिसने करोड़ों भारतीयों की प्राइवेसी को दांव पर लगा दिया है। हालांकि सरकार ने इस दावे को सिरे से नाकार दिया है।
यूज़र्स को जल्द ही अपना फोन पहली बार सेट करते समय Aarogya Setu ऐप पर अनिवार्य रूप से रजिस्टर करना पड़ सकता है। यह कदम देश में बेचे जाने वाले सभी फोन के लिए लागू किया जाएगा, जब देश में स्मार्टफोन की बिक्री शुरू हो जाएगी।